Отличие заказной разработки от сборки из готовых модулей.
Кастомная разработка это всегда проект, а не продажа готового проекта.
Плюсы: под себя, гибкость
Минусы: дольше, сложнее,дороже.
Когда применять: если нет подходящего готового решения, если требуется гибкая адаптация в будущем.
Изначально ставьте правильно задачу на проект и определитесь с приоритетами на проекте.
Как лучше организовать заказную разработку – по этапам, итерационно делать продукт по детальным ТЗ с горизонтом 1-2 месяца и промежуточной сдачей.