Web-automation.ru

Отправка сообщения в Skype пользователю:

Skype skype = new Skype();
string uname = "user457";
string tmsg = "Привет из C#)";
skype.SendMessage(uname, tmsg);

Подробная статья на тему чтения входящих сообщений через Skype – http://habrahabr.ru/post/238363/

Работа с Кастомными группами:

Skype skype = new Skype();                  
foreach(Group group in skype.CustomGroups)
{
    Console.WriteLine("group:" + group.DisplayName);
    foreach(User user in group.Users)
    {
        Console.WriteLine("User:"+user.FullName);
    }
}