Решение:

1. Перенос структуры. Формируем и запускаем SQL-скрипт формирования структуры базы.
В MSEE это делается нажатием на базе и "Генерация скпита" для локальной базы, а потом запуском этого скрипта на удаленной базе.
2. Перенос данных.
а. Для каждой таблицы в новой базе выполнить(для отколдчения ограничений целостности внешних ключей):

Alter table table1 NOCHECK CONSTRAINT ALL
Alter table table2 NOCHECK CONSTRAINT ALL
Alter table table3 NOCHECK CONSTRAINT ALL

б. После этого для исходной базы выполните Tasks/Import Data
Выбираем нужные базы.
Выбираем нужные таблицы.
В мастере установить галочку Enable Identity Insert(разрешить вставку идентификаторов) - для каждой таблицы нажать кнопку Изменить
и не надо отмечать галочку Delete Rows in destination Table(удалять строки в целевой таблице).
Примечание:
1. В MSEE нет Export Data. чтобы его запустить, надо скачать http://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=65111
и затем запустить мастер через
D:\Program Files\Microsoft SQL Server\90\DTS\Binn\DTSWizard.exe. Если есть какие то ошибки можно попробовать копировать таблицы пачками.
2. Перед импортом лучше все данные в таблицах базы назначения почистить

в. Включить проверку целотности для всех таблиц
Alter table table1 CHECK CONSTRAINT ALL
Alter table table2 CHECK CONSTRAINT ALL
Alter table table3 CHECK CONSTRAINT ALL

3. Замените строку подключения в файле Web.config
<connectionStrings>
<remove name="LocalSqlServer" />
<add name="LocalSqlServer" connectionString="server=111.222.333.444; Initial Catalog=DBName; uid=username; pwd=password"
providerName="System.Data.SqlClient" />
</connectionStrings>