Решение:
Надо выполнить команду
E:\Дело\Проекты\Research\Test1>C:\WINDOWS\Microsoft.NET\Framework\v4.0.30319\asp net_compiler -v / -p E:\Дело\Проекты\Research\test1 c:\temp
в C:\temp будет весь код сайта.
Еще ссылки по теме:
http://blogs.msdn.com/b/jamesche/archive/2007/09/27/automating-aspnet-compiler-in-visual-web-developer.aspx
http://www.nathanblevins.com/2008/06/compile-a-web-user-control-into-a-dll-net-c/
Чтобы потом использовать классы или файлы ascx – надо:
1. add reference ddl из app_code проекта deployment в bin нашего проекта.
2. скомпилировать через запуск проекта просто.
3. использовать напрямую класс.
4. для контролов использовать:
<%@ Register TagPrefix="ASP" Namespace="ASP" Assembly="App_Web_0xpeusv1" %>
(это название dll – главное убрать расширение)
и <asp:Banner ID="id1" runat="server" />